Er kunnen twee redenen zijn waarom verwijdering van een collectie plaatsvindt;
1. de botanische tuin die die collectie onderhoudt wil deze niet langer voortzetten
2. de collectie voldoet niet meer aan de criteria
In het eerste geval wordt de collectie afgevoerd uit het overzicht van de NP. Van het tweede geval is sprake wanneer na herkeuring, die collectie niet meer aan de criteria voldoet.
In beide gevallen wordt de collectieovereenkomst ontbonden.